Основная версия следствия предполагает политический характер убийства: в своем селе Закарьяев был известен активным противодействием экстремизму и ваххабизму. Как заявил журналистам источник в правоохранительных органах: «Убитый имам при жизни читал проповеди и призывал к борьбе против экстремизма и ваххабизма, имел активную позицию. Именно это послужило причиной его убийства». Он предположил, что имама убили боевики из местной бандгруппы. По предварительной информации некоторых СМИ, свидетели опознали нападавших 35-летнего Магомеда Ибрагимова и 30-летнего Шамиля Абдулхаликова.

Религиозные деятели, наряду с политическими деятелями и журналистами, являются основной мишенью террористов. Так, в августе 2013 года неизвестные расстреляли бывшего имама одной из городских мечетей Ильясгаджи Ильясова. Дагестан последние несколько лет является главной ареной террористической деятельности: к примеру, в 2012 году здесь была проведена целая серия взрывов, что привело к множеству жертв.

Не прекращаются споры о том, где следует искать корень всех проблем. Эксперты указывали на явную недостаточность усилий в сфере экономической, социальной, культурной, религиозной политики, проводимой в республике. Высочайший уровень коррупции, безработица, низкий уровень зарплаты служат благодатной почвой для активности радикальных исламистов. Есть недостатки информационной политики, не позволяющей получить точную и ясную картину происходящего.

Очень много вопросов связано с деятельностью правоохранительных органов Дагестана. Так, президент Международной ассоциации ветеранов подразделения антитеррора «Альфа» Сергей Гончаров заявил после серии терактов, что «перманентные взрывы на Кавказе не являются терактами - это самая настоящая война местного населения против силовиков, против существующей власти вообще». Он объясняет эту ситуацию именно тотальной коррупцией: «основной причиной терроризма является «кумовство», когда «на руководящих постах в кавказских республиках находятся представители больших кланов и тейпов, которые берут на работу своих родственников», а «остальной части населения, и в первую очередь молодым людям, не остается ничего, кроме как идти в «мятежное подполье». У С.Гончарова есть резон так говорить: спецслужбам не доверяют, их боятся, особенно на Северном Кавказе. И есть за что: периодически общественности становится известно о пытках арестованных, которых заставляют сознаться в терроризме, о похищениях людей. По ряду свидетельств, в органах правопорядка и спецслужбах Северного Кавказа широко распространена коррупция: некоторые чиновники правоохранительных органов чуть ли не состоят на зарплате у бандитских групп и заранее сообщают им о готовящихся операциях. В самом деле, в борьбе с исламистским подпольем силовые структуры Дагестана нередко нарушают права человека. Отмечены случаи похищения и пыток людей, подозреваемых силовыми структурами в сотрудничестве с боевиками. Иногда вместо похищений практикуется уничтожение подозреваемых в сотрудничестве с исламистским подпольем во время спецопераций. По мнению некоторых правозащитных организаций, представители силовых структур предпочитают не передавать подобные дела в суд, опасаясь, что судьи (и особенно присяжные) из-за давления оставшихся на свободе сообщников подсудимых, в силу родственных чувств и т.д. выносят оправдательные приговоры. Однако представители силовых структур Дагестана всегда опровергали эти заявления. Секретарь Совета безопасности Дагестана, Герой России Магомед Баачилов заявлял, что большинство населения не поддерживает террористов, что многие сотрудники правоохранительных органов гибнут в борьбе с бандитами и что ряд высокопоставленных чиновников республики являются русскими и никаким кланам не принадлежат.

Директор МБПЧ Александр Брод: «Много раз и высшее руководство страны, и эксперты обращали внимание на то, что идеи радикального исламизма проникают в Россию из-за рубежа. В Дагестане фактически имело место столкновение двух ветвей ислама - радикального ваххабизма боевиков и более традиционной суннитской веры республики. В немалой степени такое положение связано с недостатками системы исламского образования в России. Президент В.Путин призвал сосредоточить внимание на подготовке местных специалистов и преподавателей ислама, реформировать систему российского исламского образования. Однако пока все эти меры не дали должного результата, и в Дагестане продолжают гибнуть люди. Лишь серьезные комплексные меры могут изменить ситуацию».