Комитетом были опубликованы сотни материалов и документов, свидетельствующих о нарушениях прав верующих в СССР, которые имели широкий резонанс за рубежом.
В ноябре 1979 г. он был арестован, а в 1980 г. осуждён за антисоветскую агитацию.
Якунин провел в лагере 5 лет и в последующей ссылке - 2 года.
В 1987 г. был амнистирован и тут же восстановлен Московской патриархией в священническом служении; до 1992 г. служил в г. Щелково.
В период перестройки и после нее Якунин продолжал свою активную политическую деятельность, являясь одним из ярких деятелей демократического движения.
С 1990 г. он - сопредседатель Координационного совета движения «Демократическая Россия», а с февраля 1992 г. - сопредседатель Совета представителей движения «Демократическая Россия».
В 1995 г. Якунин организовал Общественный комитет защиты свободы совести.
В 1990 г. он был избран народным депутатом РСФСР, членом Верховного Совета РСФСР, заместителем председателя Комитета ВС РСФСР по свободе совести.
Принимал активное участие в работе над законом «О свободе вероисповеданий».
При содействии Глеба Якунина возобновили работу многие закрытые храмы и монастыри.
В 1991-1992 гг. Якунин участвовал в работе парламентской Комиссии по расследованию причин и обстоятельств ГКЧП.
Комиссия опубликовала архивные материалы КГБ о предполагаемом сотрудничестве отдельных иерархов Московской патриархии с КГБ.
Уже будучи членом Государственной Думы (1993-1995), он продолжал критиковать церковноначалие, указывая, что большинство иерархов верно служили советской власти, ущемляя права верующих.
Разумеется, такая линия не могла понравиться, и в 1993 г. Московская патриархия лишила его сана священника (официально - за отказ подчиниться требованию о неучастии православных клириков в парламентских выборах), а в 1997 г. отлучила от Церкви.
Впрочем, еще до этого момента Якунин был принят в юрисдикцию Украинской православной церкви Киевского патриархата в священническом сане, а затем перешёл в Русскую истинно-православную (катакомбную) церковь.
В 2000 г. на основе последней были созданы Движение за возрождение российского православия, а затем и Апостольская православная церковь, где он имел сан протопресвитера.
Все последние годы жизни, несмотря на болезни, Якунин продолжал активно заниматься общественной деятельностью, баллотировался в депутаты Мосгордумы, выступал с протестами против действий властей, резко критиковал Патриархию.
В ноябре 2005 г. вместе с другими участниками Московской Хельсинкской группы он написал письмо лидерам Запада, в котором высказывалась озабоченность преследованием российских граждан по политическим мотивам.
Среди жертв преследования со стороны государства фигурировали учёные Игорь Сутягин и Валентин Данилов, адвокат Михаил Трепашкин, предприниматели Михаил Ходорковский и Платон Лебедев.
Ранее он, а также ряд других правозащитников выразили свою озабоченность по поводу разгоревшейся в России «шпиономании» и преследований российских учёных.
Все те, кто знал Глеба Якунина, вспоминают его с восхищением и преклоняются перед его мужеством.
В самом деле, мало кто отличался такой принципиальностью на протяжении всей своей сознательной жизни.
Священник Яков Кротов, служивший в последние годы в одной церкви с Глебом Якуниным, сказал: «Я думаю, что кончина отца Глеба Якунина - трагедия для многих.
В свое время, еще в 60-е годы, его жизнь объединила, как ни странно, самых разных людей.
Когда церковные власти наказали его по распоряжению светских властей и КГБ, многие московские священники скидывались деньгами и тайком помогали отцу Глебу и его семье.
Это повторилось и в конце 70-х, когда он был отправлен в концлагерь еще раз.
Это было такое тайное объединение.
На поверхности моря российского отца Глеба честили и раскольником, и анафематствовали, и как только не ругали, но на глубине...
Его неискренне ругали и искренне, а в глубине сердца восхищались им и будут восхищаться.
Такова сила личности человека, который всегда стоял за правду.
Эта смерть, конечно, потеря для всех нас, но это приобретение для святых, это приобретение для дела свободы.
Сил в последнее время у отца Глеба было очень мало.
Последние два месяца он был совсем лишен движения.
Но теперь, когда его жизнь завершена, я думаю, что эта жизнь - урок, в каком-то смысле икона, но не та, перед которой расшибают лоб, а та, с которой идут на баррикады».
Бывший народный депутат СССР Сергей Станкевич скорбит об уходе отца Глеба: «Отец Глеб был живым человеком с активной совестью.
На происходящие события он реагировал прямо, непосредственно, не сглаживал углы и действительно был, что называется, божьим человеком.
Без таких людей - праведников и проповедников - Россия не живет.
В то время как многие в сложнейшие годы начала демократических преобразований в России ограничивались просто какими-то политическими лозунгами, он активно стремился менять действительность.
Прямо скажем, с ним было непросто именно в силу его бескомпромиссности, но он был крайне нужен.
Я даже представить себе не могу, что его больше с нами не будет, и заменить его в нынешних условиях практически некем».
Так же горько воспринял смерть Якунина и правозащитник Валерий Борщев: «Смерть отца Глеба - это уход целой эпохи.
Я знал его почти 40 лет...
И меня поражала удивительная чистота отца Глеба, энергичность, оптимизм в самое тяжелейшее время.
Александр Исаевич Солженицын написал об отце Глебе в письме патриарху Пимену, что вот человек, который ставит главные проблемы Церкви, общества, и что он запрещен в служении, что гонение Церкви на него просто преступно, но это письмо не изменило положение отца Глеба, он был запрещен к служению.
Но держался он очень мужественно.
Вокруг него собирался народ, он умел объединить людей, и люди шли за ним.
А потом был лагерь...
Я поражаюсь этому человеку!
Я поражаюсь тому, что он сделал, его роли в жизни общества, Церкви.
И то, что Патриархия так и не восстановила его в служении, это суровый укор ей, история будет помнить это.
История будет помнить отношение к отцу Глебу, к этому выдающемуся человеку, которым может гордиться Россия, должна гордиться Церковь, должно гордиться российское общество.
И я горжусь, что я был связан с этим человеком.
Я благодарен судьбе, что она меня с ним свела, и боюсь, что такие люди еще очень долго не появятся».
Протоиерей Всеволод Чаплин: «Мы спорили с этим человеком, наши взгляды на церковь и общество серьезно расходились и я считаю, что он мог бы быть критичным не только по отношению к советским и российским властям, но и по отношению к Западу, который оказывал ему поддержку.
Но, несмотря на разногласия, мы периодически встречались и охотно общались, а на публичных мероприятиях всегда обменивались доброй шуткой.
Он был личностно ярким человеком, с ним хотелось и общаться, и шутить, и спорить.
Его вклад в жизнь церкви сложно охарактеризовать однозначно.
Он отстаивал права верующих во время гонений при советской власти.
Пострадал за это, но в какой-то момент его деятельность, по-моему, стала слишком управляться извне.
И когда дело, которому служил Якунин, победило - верующие, наконец, получили все права и возможности, за которые он боролся - гонения на церковь завершились, он не нашел себя в новых условиях.
Продолжал выступать с позиций западных критиков всего нашего.
Был слишком политизированным человеком, чтобы подчиниться решению синода о том, что духовенство не должно идти в парламент, и покинул церковь.
Это была большая потеря.
В первую очередь - для него самого».
Историк религии Лев Регельсон высоко оценивает личность Глеба Якунина: «Он всегда, где он видел какое-то нечестие, говорил об этом громко, во весь голос.
А это было страшновато в те времена, и он за это претерпел немало, и церковные гонения, и политические, отсидел тяжелейший срок в лагере, в ссылке в Якутии, сплетал там руками железные тросы.
Видимо, там заработал тяжелую болезнь, которая свела его в могилу.
Но надо сказать, что, хотя обличал он гневно, беспощадно, очень остро, но как человек он был кротчайший, добрейший, смиреннейший.
Все, кто его знал, могут это подтвердить.
И самое интересное, что даже к тем, кого он обличал, личной ненависти у него никогда не было...
Господь его принял на праздник Рождества, и это великий знак.
Только очень избранных людей Господь забирает на великие праздники.
И хотя мы очень скорбим, но, с другой стороны, его земные мучения окончились, и я выражу от себя глубочайшую уверенность, перед Господом скажу, что у нас появился новый молитвенник у престола Божия - за Церковь, за Россию, за весь страдающий мир.
Ибо сердце его горело любовью к людям».
Директор МБПЧ Александр Брод: «Такие яркие, совестливые и бесстрашные люди, как отец Глеб, редко появляются.
Потому их уход особенно горек».