В итоге журналиста обвинили в разжигании межнациональной розни через средства массовой информации, что по киргизским законам влечет за собой наказание в виде лишения свободы сроком от трех до пяти лет (в ходе же судебных прений прокурор требовал для него 8 лет лишения свободы). Основанием для возбуждения дела стало заключение филолого-политологической экспертизы Национальной академии наук. Вместе с тем, вполне законным обвинение было назвать нельзя: из приписываемых В.Фарафонову 16 статей в Интернете он признал авторство только пяти. Кроме того, по тем же киргизским законам интернет-блоги не включаются в состав СМИ, и соответствующие статьи УК Кыргызстана здесь неприменимы.

В защиту В.Фарафонова выступил целый ряд киргизских и российских журналистов, а также ряд местных политиков и чиновников. В частности, взять дело под контроль пообещал экс-спикер парламента КР Ахматбек Келдибеков, а также омбудсмен Турсунбек Акун, который заявил, что журналист имеет конституционное право выражать свое мнение. Выступил в защиту В.Фарафонова и Комитет по защите журналистов, штаб-квартира которого расположена в Нью-Йорке: члены Комитета призвали власти Кыргызстана "отказаться от политически мотивированных обвинений против независимого журналиста". Следили за судьбой В.Фарафонова и российские дипломаты, а также политики.

На защиту В.Фарафонова поднялись и российские националистически настроенные политики. Так, лидер ЛДПР Владимир Жириновский гарантировал Фарафонову российское гражданство, работу и жилье в Москве, а сам процесс называл политическим и направленным против русскоязычного населения Киргизии. Кроме того, Жириновский пообещал, что в случае тюремного заключения Фарафонова партия будет настаивать на депортации всех киргизских мигрантов на родину. Это заявление только возбудило накал межнациональных страстей в Киргизии и послужило почвой для обвинений В.Фарафонова в том, что за ним стоят "конкретные политики России".

Примечательно, что сам Фарафонов на оглашении приговора не присутствовал, несмотря на решение судьи о его принудительном приводе. По словам его общественного защитники Т.Уметалиевой, блогер все это время находился в машине рядом со зданием суда и не явился в зал заседаний из-за опасений за свою безопасность в связи с угрозами националистов. С 18 июня Фарафонов отключил телефон и не выходит на связь с журналистами: ранее, в телефонной беседе с корреспондентом РИА Новости, В.Фарафонов сообщил, что ему угрожают неизвестные лица, в связи с чем он был вынужден "вывезти из дома свою семью". К запугиванию, по словам Т.Уметалиевой, причастны активисты молодежного крыла пропрезидентской партии СДПК (Социал-демократическая партия Киргизстана) и лично бывший глава администрации президента Киргизии Эмиль Каптагаев, которого Фарафонов считает инициатором уголовного дела. После одного из заседаний неизвестные молодые люди (В.Фарафонов счел их причастными к СДПК) перегородили ему дорогу и пообещали, что блогер получит максимально возможное наказание.

То, что опасное развитие событий могло иметь место, подтверждает тот факт, что незадолго до суда в машину Т.Уметалиевой, в которой кроме нее находился и Фарафонов с женой, въехал другой автомобиль. Защитник уверена, что это было заранее спланированное покушение на жизнь блогера, и только случайность спасла и его самого, и его спутниц. Киргизские националисты неоднократно заявляли о том, что признают только приговор пожизненного заключения, а любой другой вердикт сочтут предательством национальных интересов. Российские дипломаты уже через час после вынесения приговора составили подборку высказываний из киргизского сегмента Интернета, пользователи которого грозят блогеру в лучшем случае высылкой из страны, в худшем — самосудом.

Свое последнее слово, которое он должен был огласить на суде, В.Фарафонов направил судье; в письме сказано: "Глаголом жечь сердца людей, заставлять думать и переживать, негодовать и воскресать – вот единственное предназначение адресованного читателю слова, все остальное несущественно… Право на свободу слова не содержит в себе никакого предположения насчет содержания этого слова". Помимо общих рассуждений о необходимости свободы слова, В.Фарафонов по-прежнему настаивает на невозможности построения государства на основе национализма: "Нет и не может быть победителей в национальных конфликтах, как нет перспектив у националистических принципов построения государства".

Бывший руководитель Аппарата президента Эмилбек Каптагаев сказал, что не согласен с решением суда: «Я думаю, данное решение суда продиктовано политикой. Я бы не сказал, что честь и достоинство кыргызского народа стоят 50 тысяч сомов. Значит, можно заплатить 50 тысяч сомов и сколько угодно оскорблять людей. Я считаю, что решение суда неправильное, оно не должно было сводиться к количественной оценке. Можно было не сажать, но дать условный срок… Я против политизации судебного процесса, он должен был идти своим чередом. Но некие политические силы раздули эту тему. Слава богу, что большинство кыргызстанцев не читают Интернет, иначе были бы конфликты». Возможно, прокуратура обжалует приговор в суде высшей инстанции.

Сам же В.Фарафонов, по словам Т.Уметалиевой, немедленно оплатит штраф, после чего отправится в Москву, где, возможно, подаст прошение о предоставлении гражданства России.

В целом же и защитники, и сам В.Фарафонов, не считающий себя виновным, остались довольны решением суда, с учетом того срока, который ему грозил, и давления местных политиков-националистов. При этом нельзя забывать, что в Киргизии действительно очень сильны националистические настроения, свидетельством чему и статьи в местной прессе, и реальные серьезные столкновения на межэтнической почве. И утверждая об этом, В.Фарафонов, безусловно, прав и исполняет свой долг журналиста. Вместе с тем, он сам высказывал радикальные националистические тезисы уже другого свойства – унижающие коренное население Киргизстана, что, конечно же, не могло остаться безнаказанным.

Директор Московского бюро по правам человека Александр Брод: «Вся эта история еще раз напоминает и об ответственности политиков, и об ответственности журналистов – особенно в такой многонациональной республике, как Кыргызстан. Бороться с радикальным национализмом надо активно и настойчиво, необходимо отстаивать свободу слова и охранять право журналистов на их работу, но борьба эта должна проходить строго в рамках закона, при равно уважительном отношении ко всем этническим группам».