Авторы доклада указывают, что в целом "государство уважает религиозную свободу", но некоторые религиозные меньшинства "продолжают испытывать трудности". И этот вывод, к сожалению, неоспорим. Чуть ли не ежедневно мы слышим о преследованиях "Свидетелей Иеговы", сайентологической церкви, последователей турецкого богослова Саида Нурси, о чем пишут авторы доклада. Действительно, немало исламских организаций были признаны террористическими и запрещены. Эксперты Госдепартамента отмечают, что российское правительство использовало закон о борьбе с экстремистской деятельностью для оправдания рейдов на штаб-квартиры религиозных организаций, задержания и судебного преследования их членов и ограничения свободы вероисповедания, что также порой имело место.

Обвинения против указанных движений носят чаще всего необоснованный характер. Из них невозможно понять, в чем эти учения противоречат административному или уголовному законодательству Российской Федерации. Обвинения выстраиваются часто на основе сомнительной концепции борьбы с "тоталитарными сектами" – понятием, не получившим никакого научного обоснования и совершенно несостоятельным – или же исходя из мнения конкурирующих религиозных течений, пользующихся авторитетом у властей.

Подтверждением необоснованных нападок на религиозные меньшинства служит, например, абсурдный судебный процесс, где предметом разбирательства являлся священный текст кришнаитов "Бхавадгита", причем не проводилось различий между текстом древней книги и современными комментариями к ней.

Нельзя не согласиться и с положениями доклада, где говорится о существовании ряда небольших радикально-националистических газет, в которых публикуются антисемитские, антиисламские, ксенофобские статьи. Добавим, что в России легко найти не только такие газеты, но и хорошо изданные такого же рода многочисленные книги, продающиеся в самых престижных книжных магазинах. Нередко известные религиозные деятели, популярные священники Русской православной церкви (например, прот. Д.Смирнов) позволяют себе публичные высказывания о необходимости гонений на другие религиозные течения, в частности, протестантские.

Справедливо и то, что Русская православная церковь получает значительные преференции в сравнении с другими религиями. Нередко из разных регионов страны поступают сообщения, что РПЦ передаются храмы, принадлежавшие старообрядцам, протестантам. Очень многие музейные работники недовольны тем, что помещения музеев и их экспонаты также передаются РПЦ.

В заявлении МИД опровергаются все эти положения доклада. По словам его официального представителя М.Камынина, из доклада в доклад Госдепа кочуют претензии: «якобы существующие в России законодательные ограничения на свободу совести, рассуждения о разграничении де-факто и де-юре «традиционных» и «нетрадиционных» конфессий, упор на надуманные притеснения мусульман, которых население, дескать, по умолчанию записывает в экстремисты и террористы и т.п.».

Увы, но эти "претензии" кочуют не только по докладам Госдепа. Они многократно приводятся в самых разных печатных и электронных российских СМИ, в Интернете, оглашаются авторитетными специалистами и правозащитниками.

В некотором смысле, доклад Госдепа не сообщает ничего нового – о всех этих фактах хорошо известно российским экспертам. Впрочем, нельзя не согласиться с тем, что доклад носит политизированный характер. В выборе стран, подвергаемых критике, в характере этой критики Госдеп вряд ли объективен. Можно, вероятно, предъявить претензии Госдепу в плане объективности и широты исследований, выбора источников информации в России, недооценки степени субъективизма этой информации. Предъявляя претензии России, авторы доклада не рассматривают ситуацию в России в контексте общемировых процессов, в частности, повсеместного роста антисемитизма в Европе, усиления антиисламских настроений (в т.ч. и в самих США).

Директор Московского бюро по правам человека Александр Брод: «России вовсе не нужно относиться к Америке как ко всемирному учителю (на роль которого она претендует, причем подчас бесцеремонно), но лучше спокойнее относиться к критике из-за рубежа и принимать то, что там есть ценного и полезного – а еще лучше прежде всего прислушаться к своим независимым экспертам и правозащитникам, давно уже обозначившим существующие проблемы и в сфере межрелигиозных отношений и в других вопросах».