Широко известны и живописные, скульптурные работы Мессерера. В 1956-1957 гг., в составе авторской группы (А.Гончаров, А.Васнецов, В.Эльконин, И.Бруни), он принимал участие в работе над панно "Москва" для главного павильона на "EXPO-58" в Брюсселе. С 1957 г. он является постоянным участником всесоюзных, зональных, республиканских, московских и зарубежных выставок. Неизменная составляющая в творчестве Б.Мессерера – оформление книг, которому художник отдал более 30 лет. В Тарусе установлен его памятник Марине Цветаевой.

Но, конечно, главное в творчестве Мессерера – это театр. Сын знаменитых родителей, ученик выдающихся учителей, Борис Мессерер, тем не менее, всегда оставался самим собой, найдя свое высокое место в искусстве. Он оказался одним из немногих продолжателей классического театрально-декорационного искусства. Еще в "Современнике" он придумывал для постановок необычные объемно-пространственные декорации. Декорации Мессерера конструктивны, пластичны, декоративны, в них заложен неожиданный взрывной заряд динамики. Порой им свойственная выразительная сдержанность, почти минимализм: так, в комедии А.Володина "Назначение" декорацию заменила простая дверь казенного учреждения, сквозь которую проходили на работу служащие. Затем в нужный момент действия внезапно ее рама с закрытыми створками падала вперед и превращалась в покрытый зеленым сукном скучнейший стол заседаний.

По-настоящему талант Мессерера раскрылся в Большом театре, где он поставил немало спектаклей. Предлагая графические композиции в виде главного элемента оформления, Мессерер обогащал сцену возможностями станкового изобразительного творчества. Он никогда не повторяется, находя неожиданные яркие краски для каждого спектакля. Большой театр остался навсегда его любовью. Причем не только как место его творчества, но и как воплощение таланта целой плеяды выдающихся художников. Не случайно в 2001 г. Б.Мессерер создал уникальную выставку "Художники Большого театра", посвященную декорационному искусству Большого театра, взятому в целом, как уникальный пласт художественной жизни минувших двух с четвертью веков и представленному в самых разных его аспектах и гранях. Созданная им из предметов декорационного, костюмного и предметного оформления спектакля инсталляция, как архитектурно-пространственно-дизайнерский образ самой выставки, до сих пор не имела аналога в культурной жизни России.

За более чем 30-летнюю жизнь в театре художник успел много и результативно поработать с крупнейшими российскими и зарубежными режиссерами разных поколений, среди которых О.Ефремов, Б.Покровский, А.Эфрос, А.Гончаров, В.Плучек, К.Сергеев, Р. Суслович, В.Чабукиани, Г.Волчек, Л.Якобсон, Б.Львов-Анохин, М.Захаров, А.Алонсо и многими другими. С 1990 г. он – главный художник МХАТа имени А.П. Чехова.

Он был женат на балерине ГАБТа Нине Чистовой, а потом на замечательной российской поэтессе Белле Ахмадулиной. Художником является и сын Мессерера, Александр. Его творческая мастерская, "Поварская, 20", стала эпицентром художественной жизни, встреч самых талантливых представителей российских и зарубежных деятелей культуры. Но это не были официальные, обласканные советской властью "творцы", а страстные и бескомпромиссные творцы культуры, свободной от идеологических штампов: именно мастерская Мессерера стала колыбелью альманаха "Метрополь", в выпуске которого принимали участие писатели В.Аксенов, А.Битов, Ф. Искандер, Б.Ахмадулина, В.Высоцкий, Е.Попов, Г.Сапгир. Тут устраивали концерты Высоцкий и Окуджава, сюда приходили знаменитые писатели Артур Миллер и Генрих Бель, Андрей Битов и Владимир Войнович, кинематографисты Отар Иоселиани и Сергей Параджанов, Микеланджело Антониони и Тонино Гуэрра.

Талант Б.Мессерера многократно отмечен: он Народный художник Российской Федерации (1993), действительный член Российской академии художеств (1998), лауреат Государственной премии России (1996), лауреат нескольких крупных театральных премий, награжден государственными орденами.

Возраст художнику – не помеха. Мессерер оформляет спектакль "Синяя птица" в театре Образцова, открывает выставку английских прерафаэлитов в Музее изобразительных искусств им А.С. Пушкина, заканчивает работу над памятником Белле Ахмадулиной, делает памятник всем политзаключенным, готовит две собственных выставки. И пишет картины.