В октябре 1950 г. он был арестован, через месяц арестовали его приемного отца, а летом следующего года - и мать.
По обвинению в антисоветской деятельности Яков Этингер был приговорен к 10 годам заключения.
После пребывания в Лефортовской тюрьме, причем почти полгода в одиночной камере, где он неоднократно подвергался избиениям, Яков был отправлен в Вятлаг (Кировская область), где в тяжелейших условиях работал на лесоповале.
Его приемный отец, Я.Г.Этингер, был одним из главных обвиняемых по «делу врачей».
В марте 1951 года после пыток и издевательств Яков Гиляриевич Этингер скончался в Лефортовской тюрьме, перенеся во время заключения 29 сердечных приступов, десять из которых происходили в кабинете следователя.
Мать была приговорена к 10 годам лишения свободы, но после реабилитации участников «дела врачей» была освобождена в октябре 1954 г.
После освобождения в 1954 г. Яков Этингер был восстановлен на историческом факультете МГУ, который закончил в 1956 г. и сразу поступил в Институт мировой экономики и международных отношений АН СССР, где проработал 33 года до ухода на пенсию - пройдя путь от библиотекаря до главного научного сотрудника.
В 1961 году Я.Я. Этингер стал кандидатом, а в 1970-м - доктором исторических наук, получил звание профессора.
Он стал одним из крупнейших ученых-африканистов России, опубликовал более десяти книг (среди них сборник статей «От Холокоста до Беслана: Сборник статей на политические темы». М., 2004) и почти 500 статей по политическим и национально-этническим проблемам развивающихся стран.
Но не менее широко известен Яков Этингер как общественный деятель, немало сил положивший на борьбу за права человека и сохранение памяти о репрессированных.
В 1988 г. он вошел в инициативную группу по созданию общества «Мемориал», входил в состав его оргкомитета и первой рабочей коллегии, был членом правления этого общества.
В конце 80-х - начале 90-х гг. Этингер - сопредседатель Московского объединения жертв политических репрессий.
Он являлся членом Международной федерации прав человека (штаб-квартира в Париже), а также членом правления созданного А.Д. Сахаровым общественно-политического клуба «Московская трибуна» и заместителем председателя правления ассоциации «Гражданский мир».
Он был членом совета управляющих Международной ассоциации историков по изучению корней, причин и последствий сталинизма в России и других странах, членом Международной федерации прав человека в Париже.
Кроме того, он был членом Совета Международного союза общественных объединений евреев - бывших узников фашизма.
Этингер вел активную работу в рамках Международной ассоциации историков по изучению корней, причин и последствий сталинизма в СССР и других странах, а также являлся экспертом по проблемам межнациональных отношений в СНГ.
Он участвовал и в создании научно-просветительного центра «Холокост», занимающегося изучением преступлений нацистов в годы второй мировой войны в отношении еврейского населения.
Все эти годы прошлое не отступало от него ни на шаг.
Значительные силы Этингер отдал подготовке книги о «деле врачей», непосредственно коснувшемся его семьи.
В ходе подготовки книги он собрал и систематизировал огромный фактический материал, работая в российских и зарубежных архивах, изучал мировую прессу тех лет, встречался и беседовал с крупными политическими деятелями нашей страны, обладавшими информацией по «делу врачей», в т.ч. с Н.Булганиным и Н.Хрущевым.
«Я уже 50 лет живу под знаком пережитого», - признается Я.Я.Этингер в своей книге «Это невозможно забыть», которая написана им и выпущена в свет в 2001 г.
Эта книга -дань памяти о тех, кто погиб в гетто во время Второй мировой войны, кто принял мученическую смерть в сталинских застенках и лагерях.
Однако ее основная цель - показать ужасающее, безжалостное лицо антисемитизма, который и по сей день процветает на просторах бывшего Советского Союза, Европы.
Директор МБПЧ Александр Брод: «И научная, и общественная деятельность Этингера высоко оценены международным научным сообществом.
Он был избран почетным членом семи зарубежных академий.
Его приглашали с лекциями в научные центры Западной Европы, США, Израиля.
Он выступал в Совете Европы в Страсбурге».
Яков Этингер прожил трудную жизнь.
Но он не боялся говорить прямо, нелицеприятно.
Он мог резко критиковать даже ученых и общественных деятелей, пользующихся всеобщим уважением.
Так, он жестко отзывался об ученых-историках, отрицавших существование плана Сталина о переселении евреев на Дальний Восток: «На том, что письменного указания Сталина о депортации евреев нет, играют некоторые ученые, чьих фамилий я называть не буду.
Я бы сказал даже так: не ученые, а лица.
«Раз нет документов, - говорят они, - то версия о депортации не соответствует действительности»».
Крайне резко он высказался по поводу заявления Сергея Ковалева: «Сергей Ковалев дал 11 мая 2003 года российскому журналу «Новое время» (номер 18-19) интервью, в котором обнародовал свое мнение, что нацистских лидеров не надо было казнить, ибо они действовали строго по законам своей страны.
Я опубликовал в «Известиях» и других изданиях письмо - резкое возражение Ковалеву.
Меня удивляет позиция еврейской, да и не только еврейской общественности, которая прошла мимо этого чудовищного заявления.
Лишь одно московское издание - «Международная еврейская газета» - опубликовало несколько протестных заявлений в связи с позицией Ковалева.
Продолжу его цитировать: «Нюрнбергский процесс был ошибкой, он отбросил человечество назад».
А что, главным нацистским военным преступникам надо было дать путевки в санаторий?..».
Его смерть стала большим ударом для коллег и единомышленников.
В заявлении, опубликованном обществом «Мемориал» по поводу смерти Этингера, скончавшегося 5 августа 2014 г., говорится: «Яков Яковлевич Этингер никогда не забывал об ужасах тоталитаризма, был активным общественным деятелем и публицистом.
В 1988 году он был одним из организаторов общества «Мемориал», входил в состав его первой рабочей коллегии.
Он был мужественным и добрым человеком, надежным другом».
Будет помнить Я.Я.Этингера и Московское бюро по правам человека.